有不济！”耿南仲指称陈东等为李纲所指使，建议逮捕涉事数人下御史府，钦宗不从。

三月，赵桓升耿南仲为尚书左丞。先前出逃的太上皇赵佶将要回京，宰相们在延和殿奏事时，耿南仲商议屏去李复左右。李纲说耿南仲不以尧、舜之道辅佐，是暗而多疑。赵桓只是笑，耿南仲愤怒。退朝后，赵桓召对耿南仲、李纲等于睿思殿，赐茶完毕，耿南仲突然起身说道：“臣刚才在百官队伍中看到了左司谏陈公辅，他是李纲结连士民伏阙上书之人，岂可为谏官？请求下御史狱对质。”

赵桓感到愕然，李纲说道：“臣与南仲所论是国事，南仲却说这话！愿因陈公辅事被下吏问讯。”赵桓不认可耿南仲所奏，但耿南仲仍坚持。李纲因而请辞，赵桓不答应。四月，赵佶回京，在耿南仲建议下，赵佶左右内侍十人被贬黜。同月，赵桓以时任中大夫尚书左丞的耿南仲，为门下侍郎。